Constituído legalmente em 2015, a iniciativa que deu origem à fundação do FONIF remete ao ano de 2013, quando cerca de 40 mantenedoras das mais importantes e reconhecidas instituições do país, tanto de origem confessional como fundações e associações civis, reuniram-se para debater os rumos do setor e as alternativas para garantir os direitos e o pleno funcionamento dessas entidades, cujo trabalho contribui de forma fundamental para o país nas áreas de saúde, educação e assistência social.

Uma das principais ações empreendidas pelo FONIF a fim de evidenciar a relevância do segmento para país foi a realização da pesquisa “A contrapartida do setor filantrópico para o Brasil”, desenvolvida em parceria com a DOM Strategy Partners, com auditoria da Audisa. A primeira versão da pesquisa, lançada em 2016, representou um marco para as filantrópicas brasileiras, já que pela primeira vez se consolidava no país um estudo organizado e confiável sobre suas atividades, com dados reais sobre sua atuação em todo o Brasil, tornando evidente sua importância para as populações mais carentes. Em 2019 o FONIF lançou uma versão atualizada da pesquisa que, assim como o primeiro levantamento, deixou clara a representatividade do setor filantrópico para o país e o seu retorno para a sociedade frente às imunidades tributárias que lhes são garantidas na Constituição Federal: a cada R$1,00 investido pelo Estado no setor, a contrapartida real é de R$7,39 em benefícios entregues à população, mostrou o estudo. Fortalecido pela clareza que tais dados trazem ao debate sobre a atividade filantrópica, o FONIF promove de forma permanente uma série de atividades voltadas à defesa e garantia de direitos das instituições filantrópicas, assim como aconteceu em 2019 na discussão em torno da Reforma da Previdência, ocasião da qual o setor saiu vitorioso com a manutenção das imunidades fiscais que permitem a continuidade de sua missão e, consequentemente, o atendimento a milhões de brasileiros.